„Als Experte für die Hochschulentwicklung hat Jürgen Schlegel einen immens wichtigen Beitrag zur Professionalisierung von Wissenschaftsadministration und zur Entwicklung der deutschen Hochschullandschaft geleistet“, würdigte Staatssekretär Helmut Dockter die Arbeit Schlegels bei der Ordensverleihung. Der studierte Jurist war von 1975 bis 1990 im Ministerium für Wissenschaft und Forschung des Landes Nordrhein-Westfalen tätig. Von 1990 bis zum Eintritt in den Ruhestand im Jahr 2011 nahm er die hauptberufliche Aufgabe des Generalsekretärs der „Bund-Länder-Kommission für Bildungsplanung und Forschungsförderung“ (BLK) beziehungsweise deren Nachfolgeorganisation, der „Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz“ (GWK) in Bonn, wahr. Er sei in dieser Funktion maßgeblich an der Zusammenführung der beiden deutschen Hochschulsysteme beteiligt gewesen und habe sachorientiert und konstruktiv zwischen Bund und Ländern, zwischen Parteien und Verbänden sowie zwischen den verschiedenen Bildungsbereichen vermittelt, so eine schriftliche Mitteilung des NRW Ministeriums für Innovation, Wissenschaft und Forschung.

Als Vorsitzender der Strukturkommission des Gründungssenates der „Europa-Universität Viadrina“ in Frankfurt/Oder war Jürgen Schlegel von 1991 bis 1993 für die Erarbeitung eines Strukturkonzepts verantwortlich. Nach Umwandlung der Viadrina in die Rechtsform einer Stiftungsuniversität wurde er 2008 in deren Stiftungsrat berufen. Jürgen Schlegel ist seit 2008 auch Vorsitzender des damals neu geschaffenen Hochschulrates der Ruhr-Universität Bochum, von 2003 bis 2007 war er bereits Mitglied des Kuratoriums der Universität. In den vergangenen Jahrzehnten hatte Jürgen Schlegel zudem diverse ehrenamtliche Funktionen inne. Er wurde 1992 in das Präsidium des Deutschen Bibliothekverbandes gewählt und ist seitdem als Vizepräsident und vor allem als juristischer Berater aktiv. Zudem ist er seit 1992 Mitglied im Stiftungsrat des Deutschen Instituts für Internationale Pädagogische Forschung (DIPF), das unter anderem im Bereich der PISAStudien arbeitet.
Jürgen Schlegel ist verheiratet, hat zwei Kinder und wohnt in Köln.
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