1964 trat Stehkämper seinen Dienst im Historischen Archiv der Stadt Köln an, dessen Leitung er schon fünf Jahre später übernahm. 1995 engagierte sich Stehkämper, der gerade frisch pensioniert wurde, in der neu gegründeten Historischen Gesellschaft Köln. Für die geplante und wissenschaftlich fundierte große Geschichte der Stadt Köln in 13 Bänden hatte Stehkämper einen Autorenstab begeistern und benennen können und so das Projekt maßgeblich vorangetrieben. Er selbst übernahm den zentralen Band über das hohe Mittelalter in Köln, für das er selbst als Spezialist galt. Im nächsten Jahr wollte Stehkämper das Manuskript zum Band 3 der Stadtgeschichte – Köln im Hochmittelalter, 1074/75 bis 1288 vollenden. Aus gesundheitlichen Gründen hatte Stehkämper bereits im letzten Jahr die Funktion des wissenschaftlichen Herausgebers der Reihe an den Historiker Prof. Dr. Dr. h.c. mult. Werner Eck übergeben.
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