Professor Flügge habilitierte in Biochemie an der Universität Göttingen und ist seit 1994 Professor an der Universität zu Köln. Seine Arbeitsgruppe beschäftigt sich etwa mit Untersuchungen zum pflanzlichen Membrantransport, zur retrograden Signaltransduktion und zum pflanzlichen Sekundärstoffwechsel, auch unter biotechnologischen Aspekten. In seiner Arbeitsgruppe wurde ARAMEMNON, eine international genutzte Datenbank für Pflanzenmembranproteine, erstellt. Neben seiner Forschungstätigkeit ist/war Professor Flügge Mitglied in einer Reihe von wissenschaftlichen Beiräten und Ausschüssen. So war er Mitglied des zentralen Auswahlkommittes der Alexander von Humboldt-Stiftung (1997-2007) und des DFG-Bewilligungsausschusses für die Angelegenheiten der Sonderforschungsbereiche (2003-2009). Seit 2003 ist er Präsident der Deutschen Botanischen Gesellschaft. Professor Flügge ist Träger des Gottfried-Wilhelm-Leibniz Preises der Deutschen Forschungsgemeinschaft (1996).
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